基础医学院可溯源自本校办学之初1924年开设的中西医基础课程，正式组建于1984年，原名基础部，1986年7月设立了中医基础理论研究所，1997年正式挂牌成立。学院有中医学、中西医结合2个一级学科博士点，中医学、中西医结合、基础医学3个一级学科硕士点。中医学学科是国家“双一流”建设学科，也是国家一级重点学科。现有在校博士、硕士研究生共259人，在校本科生共752人。从2014年开始招收生物技术专业学生（四年制）、2019年增设中医养生学专业（五年制），均为广东省一流专业建设点，还与第四临床医学院、第五临床医学院、第八临床医学院合作培养中医学专业学生。

学院现有教职员工155人（含全职引进人才、博士后及合同制人员），其中全职教学科研人员有122人，博士生占比达90%，教授（含研究员）36人，副教授41人，有博士生指导教师26人，硕士生指导教师42人。拥有国家级高等学校教学名师1名，全国师德建设先进个人1名，教育部新世纪优秀人才3名，享受国务院颁发的政府特殊津贴专家5名，广东省高等学校教学名师2名，广东省师德建设先进个人1名，广东省劳动模范1名，广东省南粤优秀教师6名，广东省南粤教坛新秀1名，广东省名中医2名、广东省特支计划青年拔尖人才1名。

学院承担了从本科到研究生各层次、各专业的中医基础课和西医基础课的教学任务和人才培养工作，现开设本科生课程146门，其中必修课与限选课116门、公选课30门，平均每年承担本科教育教学任务约3万学时。现有国家级一流课程4门、省级一流课程13门，省级课程思政示范课程2门，省级教学团队1个，省级课程思政示范团队1个，省级课程思政示范课堂2个。曾获国家教学成果二等奖2项、广东省教学成果二等奖1项。

学院是国家理科人才培养基地，是中医基础医学研究的重要基地。基础医学院实验教学中心现为中医学国家级实验教学示范中心、广东省基础医学实验教学示范中心、广东省中医养生学实验教学示范中心和广州中医药大学大学生创新创业实训中心，占地面积约6000平方米，设备总值6300余万元。承担着全校医学基础课，实验课程数达29门，实验项目数215项，年均实验教学工作量约22万人学时数，涉及中医诊断学、中医文献学、人体解剖学、组织学与胚胎学、病理学、微生物学、免疫学、寄生虫学、生物学、生理学、病理生理学、生物化学、预防医学、医学统计学等学科，同时，还负责医学生物技术实验室和中医养生学实验室建设。学院科研平台占地面积3600平方米，仪器设备总价值约6000万元，平台硬件设施为多领域的科学研究和教学示范提供了有力保障。

学院以广东省高校学生工作精品项目“启航工程”培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人；以广东省高校学生事务管理“大学生家国情怀的培育”精品项目打造基础“家国情怀”文化，厚植青年学子爱国主义情怀；以“经典导学和养生思维”专项导学制，营造师生研读经典的读书风气，实现教学相长；以启研课题设计大赛、启星拔尖人才培养计划等激励基础学子不断攀登学术高峰。学院毕业生就业情况良好，近年来多位毕业生推免进入北京大学、中国科学院大学等知名学府继续深造，近九成毕业生在粤港澳大湾区就业。